Wilayah ini semula dikenal sebagai “Kampung Kodok”, dusun tiga dari Desa Baru, dihuni sejak 1972 oleh lima keluarga pertama. Pada 1973, warga Desa Tabobol dipindahkan ke wilayah ini akibat banjir bandang. Program pemekaran Desa Baru tahun 2006 membagi wilayah menjadi Desa Baru Induk, Gamsida, dan Ngalo-Ngalo — resmi definitif 4 Juni 2013 dengan Anthonius Sumbala sebagai pejabat kepala desa pertama.

Nama “Ngalo-Ngalo” berasal dari bahasa Wayoli yang menggambarkan struktur tanah berundak seperti anak tangga, sekaligus mengenang Gunung Ngalo-Ngalo sebagai tempat latihan pasukan perang di masa lampau.

Kepala Desa yang memimpin Desa Ngalo-Ngalo saat ini:

1. Fichtor Tjao, S.T